После взятия Казани Иоанном Грозным в 1552 году, была образована Казанская епархия. Город Саратов, упоминаемый впервые в 1590 году, в первое время своего существования принадлежал к этой обширнейшей, и в XVI веке единственной для всего нижнего Поволжья епархии [5,6-7].

Северный Поволжский край отделился от Крутицкой епархии в 1555 году. При митрополите Макарии утверждается в Казани архиепископство, к которому отнесено Верхнее Поволжье с северной частью нынешней Саратовской губернии; южная же часть края до 1602 года оставалась еще в составе Сарайской епархии. Казанские архиепископы именовались "казанскими и астраханскими". Город Саратов и северная часть Саратовской губернии в епархиальном отношении состоял сначала в ведении "Конторы Казанского дворца", находившейся в Москве. В 1602 году ей приписаны были церкви по Волге, начиная от Саратова к югу, по Медведице и Хопру до Дона. Саратов по церковному ведомству отходит к Астраханской епархии; иерархи епархии именовались "астраханскими и терскими" (кавказскими) [3,30]. Первым архиепископом Астраханским был Феодосий; с 8 июня 1667 года в Астраханской епархии делами церкви правят митрополиты, и первым из них был Иосиф. С 1716 года назначаются в Астрахань епископы, именующиеся "Астраханскими и Ставропольскими". При епископе Платоне, 16 октября 1799 года, состоялось учреждение самостоятельной Саратовской епархии с наименованием ее иерархов Саратовскими и Пензенскими. Первым епископом Саратовской епархии по представлению Святейшего Синода император Павел I утвердил преосвященного Гаия (Токаова) [4,47].

Епископ Гаий родился в 1750 году в грузинском селе Магаро, что в северо-западной Кахетии. Семья его принадлежала к старинному дворянскому роду. Получив домашнее образование, он был определен ко двору Картл-кахетинского царя Ираклия II, где продолжил свое образование под руководством грузинского католикоса Антония I. В 1770 году в возрасте 20 лет Георгий принял постриг с именем Гаиоз (Гаий). Через год, будучи уже архидиаконом, Гаий впервые отправляется в Россию. Здесь он заканчивает Александро-Невскую семинарию под руководством архиепископа Платона (Левшина). В Грузию Гаий возвратился в 1778 году и стал помощником католикоса Антония в его духовно-просветительской деятельности. В 1782 году Антоний поручил архимандриту Гаию возглавить Духовную Семинарию в Телави [4,51-55].

Из представленных Священным Синодом на должность Астраханского викария кандидатур Екатерина II отдала предпочтение архимандриту Гаию. Его хиротония состоялась 29 мая 1793 года. Обязанности Астраханского епископа Гаий исполнял в течение трех месяцев, пока в апреле 1794 года не отбыл к месту своего служения в Моздок, но и там он пробыл недолго. Учитывая замечательные организаторские способности, богатый опыт и личные качества Гаия, Священный Синод 16 октября 1799 года определил его епископом Саратовским и Пензенским во вновь учрежденную Саратовскую епархию. Под начало первого Саратовского архиерея поступало около 800 тыс. христианских душ, 615 церквей и 10 616 лиц, принадлежавших духовному сословию, из которых служащего духовенства было 2511 человек [4,62]. Однако, "за неимением в Саратове удобного помещения для архиереев и духовной консистории" архиерейская кафедра по-прежнему оставалась в Пензе. Первый Саратовский и Пензенский архиерей, преосвященный Гаий, проживший в Саратове 4 года в кельях нагорной Преображенской церкви, был перемещен в Пензу, где найдено более удобное помещение для центральной духовной администрации. Желая закрепить свое положение в Пензе, епископ Гаий добился в Синоде изменения титулования епархии. С 1803 по 1828 год она называлась Пензенской и Саратовской. Среди деяний первого Саратовского епископа одним из важнейших было учреждение Саратовской Духовной Семинарии, которая по необходимости также размещалась в Пензе.

Преосвященный Гаий высоко ценил образованных служителей и постоянно побуждал их к продолжению образования. Понимая, какое большое значение в крае, пораженном расколом, имеет церковная проповедь, он требовал, чтобы каждый священник епархии не уклонялся от этой обязанности. "Ученые священники" регулярно вызывались в Пензу для проповеди в кафедральном соборе.

4 и 5 апреля 1808 года Гаий последний раз служил в Саратовском соборе: еще 10 января решением Св.Синода он был переведен на Астраханскую кафедру архиепископом. По свидетельству Н.Г Скопина, благодарные саратовцы "сожалели о сем пастыре, яко кротком и нежном отце" [2,41].

24 июня 1808 года в Пензу приехал новый Пензенско-Саратовский епископ Моисей (Близнецов-Платонов). При нем Пензенская семинария по-настоящему расцвела. Программа и методики обучения, составленные Преосвященным Платоном (Левшиным) и архимандритом Аароном, были настолько удачно проработаны, что семинария стала в один ряд со столичными духовными школами.Однако Епископ Моисей, к прискорбию его паствы, был переведен в Нижний Новгород 28 мая 1811 года [3,36].

Третьим епископом Пензенским и Саратовским, по представлению Св. Синода, император Александр I определил Афанасия (Корчанова). В Саратов архиерей прибыл 6 июня 1813 года. В течение недели он служил в Троицком соборе, посетил все Саратовские церкви, проповедывал, встречался с жителями города. 20 июля 1814 года саратовцы вновь встречали архипастыря: предстояло заложить новый Спасо-Преображенский мужской монастырь. 29 июня 1817 года Преосвященный Афанасий еще раз пожаловал в Саратов специально для открытия Саратовского губернского отделения Российского Библейского Общества. Владыка был человек тихий, добрый и благочестивый, управлял епархией слабо, отчего происходили большие злоупотребления. Наконец Преосвященный был уволен на покой 8 февраля 1819 года [2,42-45].

Для саратовцев имя Преосвященного Афанасия неразрывно связано с таким событием в истории города, как основание Александро-Невского собора - величественного памятника, посвященного саратовским ополченцам и победе русского народа в Отечественной войне 1812 года. Это знаменательное событие произошло 30 августа 1815 года [4,122-126].

В течение нескольких месяцев 1819 года епископом Пензенским и Саратовским был Иннокентий (Смирнов). До своего назначения на Пензенскую кафедру Преосвященный Иннокентий был профессором Санкт-Петербургской Духовной Академии, ректором семинарии, деятельным участником Российского Библейского Общества, автором "Начертания церковной истории от библейских времен до XVIII века". Протоиерей Н.Скопин в своем дневнике отмечает, что Иннокентий прибыл в Пензу 20 июля 1819 года, через два месяца, 20 августа, приехал в Саратов, но на третий день сделался болен. Не отслужив в городе ни одного раза, так и не выздоровевший архиерей выехал в Пензу, где вскоре скончался [2,47].

С конца 1819 года по 1825 год епархией управлял Преосвященный Амвросий (Орнатский). Прибыв в Пензу из Старой Руссы, Владыка Амвросий поразил пензенское духовенство своим нелицемерным аскетизмом и подвижническим образом жизни. Стараниями Епископа Амвросия в 1820 году в Саратове были открыты уездное и приходское духовные училища, а два года спустя уездные духовные училища открылись в Камышине и Петровске. Первым ректором Саратовского Духовного училища был назначен протоиерей Н.Скопин, оставивший после себя интереснейший дневник, инспектором был назначен протоиерей Г. Чернышевский. К началу 1822 года в Саратове был выстроен Спасо-Преображенский мужской монастырь. 12 мая того же года Саратов посетил Преосвященный Амвросий. 18 мая 1822 года он совершил освящение главного храма и всего монастыря. В Пензе Владыка Амвросий завершил свое капитальное шеститомное исследование "История Российской иерархии", не потерявшее своего научного значения и по сей день. В 1825 году Владыка Амвросий ушел на покой и до конца своих дней († 27 февраля 1825г) пребывал в Кирилло-Белоезерском монастыре. Он жил в монастыре бессребреником и свою двухтысячную пенсию получал только для того, чтобы одну половину ее отдать в монастырь, а другую - раздать бедным [4,240].

Последним Епископом Пензенским и Саратовским суждено было стать Владыке Иринею. Во вверенную ему епархию Владыка Ириней прибыл в апреле 1826. Уже через три месяца после приезда в Пензу архипастырь предпринял длительную поездку по Саратовской губернии. Обозрение епархии продолжалось более двух месяцев. За это время епископ Ириней посетил почти все уезды Саратовской губернии, провел многочисленные встречи с пасомыми и подверг тщательной ревизии состояние храмов и деятельность духовенства. Все помыслы и действия епископа Иринея были направлены на то, чтобы воспитать свою паству твердо стоящей в истинах веры и преуспевающей в христианском благочестии. Одним из первых архипастырей он начал регулярное обучение прихожан христианским обязанностям. Обладая даром учительства, он говорил проповеди без особой подготовки, всегда просто и понятно, ярко и образно. В 1830 году его перевели из Пензы в Иркутск [4,275].