Будущий святитель родился в середине девятнадцатого века в Тульской губернии, в семье священника. Александр Преображенский, так звали святителя Агафангела в миру, получил духовное образование, затем преподавал в духовных школах.
В молодости Александр понес тяжелую утрату – от болезни скончались его супруга и ребенок. Как писал он затем: жизненный путь, избранный мною — не мой жребий... я поспешил оставить мир, взять свой крест и приобщиться к лику иноческому.
Теперь уже иеромонах Агафангел продолжил труды на ниве преподавания в семинариях, а в тысяча восемьсот восемьдесят девятом году его рукополагают в епископа. Владыка Агафангел проявил себя и как ученый богослов, и как мудрый пастырь, заботящийся о верующих.
В годы Первой мировой войны владыка много внимания уделял обустройству госпиталей для раненых и помощи пострадавшим. В период революционных событий владыка призывал верующих хранить верность Церкви.
Владыка сопротивлялся попыткам новой власти расколоть Русскую Церковь, за что был арестован и отправлен в ссылку. Тяготы ссылки и переживания за гонимую Церковь сильно подорвали здоровье владыки Агафангела. При каждом ухудшении здоровья, владыка прежде всего причащался и только затем звал врача.
В тысяча девятьсот двадцать восьмом году владыка Агафангел скончался.