Священномученик Феодор (в миру Владимир Алексеевич Смирнов) родился 17 января 1891 года в селе Козловка (ныне в Лопатинском районе Пензенской области) в семье псаломщика. Окончил Саратовскую духовную семинарию, затем, в 1916 году — Казанскую духовную академию со степенью кандидата богословия. С 1916 по 1918 год преподавал историю и другие предметы в школах города Вольска, в 1918-1919 годах работал в различных учреждениях в Саратове. В 1919–1920 годах служил в Красной Армии, в Донской Северо-Кавказской дивизии, инструктором школьного отдела и политотдела. В 1921 году был инструктором дошкольного воспитания в саратовском РУПВОДе.
4 октября 1921 года Владимир Смирнов был рукоположен во иерея. Служил в Троицком храме села Малая Осиновка Аткарского района, в 1923 году был переведен в Саратов, в Старо-Казанскую церковь, тогда еще не разрушенную. 31 августа 1923 года его арестовали по обвинению в антисоветской деятельности вместе с большой группой саратовского духовенства во главе с епископом Петром (Соколовым), но вскоре освободили. После этого отец Владимир служил в Покровском храме Саратова. В 1929 году он был осужден на три года высылки в Нарымский край. Отбыв ссылку, устроился священником в храм села Никольское Кузнецкого района Пензенской области.
В 1934 году (предположительно, в октябре) будущий новомученик был пострижен в монашество с именем Феодор, в апреле 1935 года переехал в Пензу. В 1935 году упоминается как архимандрит, настоятель Митрофановского храма в этом городе.
23 сентября 1935 года состоялась хиротония иеромонаха Феодора во епископа Пензенского. Митрофановская церковь стала его кафедральным храмом. В ней служил священник Гавриил Архангельский — воспитанник Саратовской семинарии, как и владыка Феодор, возможно, они были уже знакомы. Опираясь на него и других священников «тихоновского направления», то есть на тех, кто сохранил верность Церкви и не ушел в навязанный советской властью раскол, владыка Феодор попытался реанимировать Пензенскую епархию, разгромленную, как и все другие, сплотить ее и вернуть, насколько можно, к живой и постоянной молитвенной жизни. По его поручениям священники выезжали на места, искали людей, готовых бороться за возвращение Церкви закрытых и поруганных храмов, противостоять обновленцам, способствовать переходу тех, кто уклонился в раскол, под омофор епископа Феодора.
18 октября 1936 года владыка Феодор был арестован. Ему инкриминировалась контрреволюционная деятельность, а именно создание контрреволюционной группы из репрессированных советской властью элементов с целью ведения среди населения агитации, направленной на свержение советской власти и установления в стране фашистской диктатуры. Это была обычная формулировка, используемая в предвоенное время при фабрикации следственных дел. На допросах архипастырь держался стойко и категорически отрицал свою контрреволюционную деятельность.
5 февраля 1937 года епископ Феодор, находившийся в заключении, был уволен от управления Пензенской епархией на покой. Вместе с ним по одному делу проходило еще пять человек — арестованные в тот же день священники Иринарх Умов (из Беднодемьяновска), Иоанн Хорошунов (из Наровчата), Гавриил Архангельский, а также священник села Ольшанки Башмаковского района Андрея Голубев и заштатный священник Василий Смирнов, работавший на момент ареста дезинфектором Пензенского санитарно-бактериологического института. Все они, кроме отца Иоанна Хорошунова, были расстреляны в Пензе 4 сентября 1937 года; отец Иоанн был приговорен к десяти годам лишения свободы.
20 августа 2000 года, по завершении Юбилейного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви, епископ Пензенский Феодор (Смирнов) и иже с ним пострадавшие священники Гавриил Архангельский и Василий Смирнов были причислены к лику святых для общецерковного почитания в Соборе новомучеников и исповедников Российских. В октябре 2019 года священномученик включен в Собор Саратовских святых.