Будущий владыка Иоанникий, в миру Иван Михайлович Попов, родился 14 мая 1883 года в городе Кашине Тверской губернии. Получив домашнее образование, он 10 июня 1912 года принимает монашеский постриг в честь преподобного Иоанникия Великого и сан иеродиакона в Нило-Столобенской пустыни. 15 августа 1916 года рукополагается в сан иеромонаха. По возведении в сан архимандрита в 1922 году назначается наместником этого монастыря.
В конце 1926 года, вместе c епископом Осташковским Гавриилом (Абалымовым) и большей частью братии обители был арестован и обвинен в сокрытии церковных ценностей, а также в контрреволюционной и антисоветской агитации. Отца Иоанникия держали круглые сутки в следственном кабинете под ярким светом настольной лампы. Чтобы вырвать признание в несовершенных преступлениях, следователи сменяя друг друга, непрерывно в течение суток допрашивали его, лишая сна. Измученный страдалец засыпал прямо во время допросов — на стуле, и тогда следователи «будили» его ударом в зубы. После следствия в Осташкове состоялся открытый суд, где присутствовали и многие его прихожане.
Отец Иоанникий на суде отрицал все выдвинутые против него обвинения. Тогда судья стал указывать на собственноручно подписанные признательные показания. Подсудимый ответил, что его так били по лицу, что он отплевывался собственными зубами. Если он и подписал что-либо — то только в состоянии беспамятства, так как следователи не давали ему передышки и истязали, не давая ему спать. «В таком состоянии, — сказал он, — подпишешь любое против себя обвинение, даже смертный приговор, лишь бы часок отдохнуть». Судья не дал ему договорить, и велел увести архимандрита. Четыре стражника сопровождали его из зала суда, толкая грубо, как последнего уголовника, прикладами в спину и под ребро. Страдалец еле держался на ногах. Архимандрит Иоанникий был приговорен к тюремному заключению. На территории монастыря разместили колонию для малолетних преступников.
Срок заключения отбыл и был освобожден. В начале тридцатых годов архимандрит Иоанникий оказался в Вольске и вошел в число клириков Троицкого собора. В ныне упраздненном Вольском филиале Государственного архива Саратовской области хранилась записка от 14 октября 1931 года в городской совет, занимавшийся регистрацией священнослужителей: «По распоряжению митрополита Серафима архимандрит Иоанникий (Попов Иван Степанович) из нашего Ново-Троицкого храма отозван в Москву. Вследствие чего коллектив верующих просит горсовет из списков вышеозначенной церкви его исключить».
1/14 октября 1931 года в Покровской церкви г. Москвы состоялась хиротония владыки Иоанникия во епископа Камышинского, викария Саратовской епархии. Хиротонию совершили Саратовский митрополит Серафим (Александров), митрополит Туркестанский Никандр (Феноменов), архиепископ Витебский Николай (Покровский), архиепископ Тамбовский святой Вассиан (Пятницкий), епископ Липецкий святой Уар (Шмарин), епископ Волоколамский Иоанн (Широков). Епископ Иоанникий одновременно назначается временно управляющим Вольским викариатством.
Он жил в Саратове в одной квартире с митрополитом Серафимом и часто служил в немногих уже саратовских храмах. Духовное обаяние владыки Иоанникия было необыкновенным. В Саратов приезжали благодарные люди из тех мест, где он находился в ссылке, в их числе раскаявшиеся уголовные преступники. Его духовные наставления, стихи, на долгое время остались в памяти тех, кто был к нему близок.
В Саратове вокруг владыки Иоанникия образовался целый кружок верующей молодежи; его почитатели не оставили владыку и в последние, особенно трудные годы его жизни. 24 июня 1933 года епископ Иоанникий был почислен на покой. С 5 октября 1933 года он временно управляет Читинско-Забайкальской епархией. Через год, 11 октября 1934 года, уходит на покой. 21 февраля/6 марта 1937 года он получает назначение епископом Рыбинским, викарием Ярославской епархии, но принять назначение помешал новый арест.
Последние годы жизни епископ Иоанникий провел в Астрахани. Здесь он, пока позволяло здоровье, работал — и паромщиком на реке Болде, и на заводе чернорабочим, и ночным сторожем в булочной. Приезжали к нему из Саратова и его духовные чада. Он тайно их исповедовал, причащал, а они старались, чем можно помочь своему владыке, хотя он никогда никого не просил о помощи, и все старался делать сам. Господь сподобил исповедника дара прозорливости. Владыка очень терпеливо переносил все страдания, стараясь никого не обременить своей болезнью. Умер владыка Иоанникий от рака желудка 1 февраля 1942 года. Он сам причастился святых Христовых Тайн и с зажженной свечкой стал читать себе отходную молитву. Его могила находится к северу от кладбищенского Иоанно-Предтеченского храма в Астрахани. Рядом с ним похоронена его келейница — монахиня Парфения. Саратовские почитатели его памяти до конца XX века приезжали на его могилу.
При подготовке материала были использованы:
1. Воробьев Михаил, священник. Вольское викариатство в 19-м и 20-м столетиях. Электронный документ.
2. Родина Л. Владыка Иоанникий // Православная вера, № 21, 1996.
3. История Русской Церкви, Т. IX. М.: изд-во Спасо-Преображенского Валаамского монастыря, 1997.
4. Иосиф (Марьян), игумен. Епископ Иоанникий (Попов). Сайт «Астрахань Православная. Храмы. Монастыри».