С февраля 1680 года — игумен Новинского Введенского монастыря на Пресне.
В 1681 году переведен в Московский Спасо-Андрониев монастырь архимандритом.
26 июня 1681 года в Москве хиротонисан во епископа Астраханского и Терского с возведением в сан митрополита.
После рукоположения он долго прожил в Москве, где присутствовал на соборе об уничтожении местничества, на погребении Царя Феодора Алексеевича и венчании Царей Петра и Иоанна Алексеевичей, занимая второе между митрополитами место.
Ко времени епископской хиротонии Владыка Никифор был уже в преклонных годах. «Сей Преосвященный Никифор, — замечает летописец, — по старости питался одним киселем с сытою и молоком, ибо зубов не имел».
Из письма митрополита Никифора, которое он писал в Астрахань к казначею архиерейского дома, видно, что он почти до самой кончины в Астрахани не бывал, а скончался или на пути или тотчас по прибытии в Астрахань — 28 октября 1682 года. Похоронен в нижней церкви Успенского собора Астрахани.
От митрополита Никифора осталось собственное его Евангелие, листовое, с верхними сребропозлащенными досками, которое хранилось в Успенском соборе до разорения собора безбожной властью в 1918 году.
При подготовке материала были использованы:
- Благонравов Михаил, священник. Архиереи Астраханской епархии за 300 лет ее существования: 1602-1902 гг. Астрахань. 1902.
- Никифор, митрополит Астраханский и Терский. // Опубликовано на официальной Интернет-странице Астраханско-Енотаевской епархии.
- Никифор, митрополит. // Интернет-публикация Благотворительного фонда «Русское Православие».